No século XVI, período do descobrimento do Brasil, o nosso município pertencia a Capitania Hereditária de Porto Seguro. A região foi invadida pelos portugueses a procura de ouro e pedras preciosas. Fracassada a empreitada dos garimpeiros, iniciaram a extração de Pau-Brasil (madeira de lei de cor avermelhada) e a produção de açúcar em engenhos, por ordem da coroa portuguesa.
Após 2 séculos de insatisfação com a invasão dos brancos em suas terras, os maus tratos, a escravidão e o menosprezo, as tribos dos índios Aimorés, Abatires e Pataxós com seus vários guerreiros e juntamente com os temíveis índios Botocudos, atacaram a Capitania e exterminaram quase todos os portugueses e os índios Tupiniquins (dominados pelos brancos).
Entre 1720 e 1730, alemães e suíços se estabeleceram em terras de Mucuri, em fazendas para cultivo de café. Os índios chamavam a região de Mucuri, nome de uma madeira que era encontrada em abundância próxima ao rio, enquanto os brancos a chamavam de Porto Alegre.
Em 1768, brancos e índios que habitavam nossa região, construíram uma capela dedicada a São José, hoje padroeiro de Mucuri.
Em virtude da Ordem Régia datada de 10 de outubro de 1769, criou-se o município chamado São José de Porto Alegre, cuja instalação se deu a 15 de outubro de 1779 pelo Ouvidor Geral da Comarca de Porto Seguro, José Xavier de Machado.
O Distrito-Sede deve sua criação ao Alvará de 22 de dezembro de 1795, data em que a capela São José foi elevada à categoria de Freguesia Eclesiástica pelo então arcebispo, D. Fr. Antônio Correia, com o nome de São José de Porto Alegre.
A partir de 1852, Teófilo Benedito Otoni colocou em funcionamento a Companhia de Comércio e Navegação do Rio Mucuri, que operava com três barcos, movidos a vapor, cujo percurso abrangia desde o porto de Mucuri até o porto fluvial de Santa Clara, um pouco abaixo de Nanuque, em Minas Gerais.
Em 1918, com funcionamento da Estrada de Ferro Bahia-Minas, a Companhia encerrou suas atividades. Os primeiros imigrantes na região foram os membros da família Gazzinelli e italianos. Depois vieram os Borges, Kochs, Saúdes, Schappers, Kammietts, Câmara, Ribeiros, Costas, Limas, Cunhas e outros.
Somente em 1931 o município passou a ser oficialmente chamado de Mucuri. Antiga vila de pescadores, a pesca e a agricultura eram de subsistência. O surgimento de novas indústrias, a ampliação do comércio e do setor imobiliário com construção de novas residências e conjuntos residenciais, e o turismo tem sido fonte de renda e de investimentos para o município nos últimos anos, com alto fluxo de turistas durante o verão. Hoje é um dos mais importantes municípios da Bahia.
